Skoda Favorit var starten på ett lyckat samarbete mellan Skoda och Volkswagen 1991 och bilen tillverkades fram till 1994 då den ersattes av Skoda Felicia och sedan dess har Skodas produktutbud ständigt ökat. Skodas produktportfölj består idag av sex modeller, Octavia, Fabia, Roomster, Superb, Praktik och det senaste tillskottet Skoda Yeti. Det stora genombrottet kom 1996 med Skoda Octavia. Företaget fortsätter än idag att tillverka den ursprungliga versionen som idag kallas Tour och säljs främst på tillväxtmarknader såsom, Ukraina, Kina och Indien m.fl. Octavia är den klart bäst säljande modellen och moderniserades helt 2004 då Octavia generation 2 presenterades – förutom kombi, hatchback och sportversionen (RS), tillverkas Scout, en bil baserad på Skoda Octavia 4x4. Fyra år senare, i oktober 2008, introducerade företaget nya Skoda Octavia i ny tappning. Ytterligare en banbrytande modell var Skoda Fabia som företaget introducerade på den 58:e internationella bilmässan i Frankfurt 1999. Bilen kom i tre versioner – en hatchback, en combi och en sedan. Den andra generationens Fabia ersatte helt sin föregångare år 2007. Den finns nu i två versioner – en hatchback och en kombi och inom kort lanseras även en Skoda Fabia Scout. Skoda Fabia är Sveriges mest sålda småbil. År 2001 tog Skoda Auto steget in i det övre mellansegmentet med Skoda Superb. Företagets flaggskepp genomgick en modernisering 2008 och en helt ny Skoda Superb presenterades. År 2006 gav sig Skoda Auto in i segmentet små MPV:er med Skoda Roomster. På årets bilmässa i Genève presenterades Skoda Yeti, den sjätte och allra senaste modellen i produktutbudet och Skodas första modell i SUV-segmentet.